Par obstacle épistémologique, on entend l'ensemble des éléments qui peuvent constituer un frein à l'éclosion, à l'émergence et au développement de la science.
La science, pour se constituer comme connaissance objective, impartiale et rationnelle, a dû renoncer à un bon nombre de préjugés et de croyances. Il a donc fallu rajeunir l'esprit humain en procédant à un assainissement de la connaissance, c'est-à-dire une purification qui consiste à lever un certain nombre d'obstacles que Gaston Bachelard (1884-1962) nomme obstacles épistémologiques. Ainsi, l'esprit scientifique doit se défaire : de l'opinion, des représentations subjectives ou prénotions (les croyances, les préjugés), de l'expérience immédiate…
En effet, Gaston Bachelard dira en ce sens que « l'esprit scientifique doit se former contre la nature ».
En d'autres termes, il ne doit pas se fier à l'expérience. Le savant doit également rompre avec l'opinion (le sens commun). En aucune façon la science ne peut servir de prolongement ou de rectification à l'opinion. Elles n'ont pas les mêmes préoccupations. L'opinion prend le besoin pour de la connaissance. C'est pourquoi Bachelard considère que « l'opinion pense mal ; elle ne pense même pas : elle prend ses besoins pour des connaissances ». L'opinion, de même que l'empirisme, est un obstacle épistémologique en ce qu'elle empêche l'acquisition d'une connaissance scientifique.
Les instruments utilisés peuvent aussi être des freins au développement de la science lorsqu'ils ne sont pas performants.
L'esprit scientifique doit rompre avec l'évidence, la subjectivité et les connaissances toutes faites. Il est le fruit d'un long mouvement de critiques, de réflexions et de rectifications
