L'ethnophilosophie a fait l'objet d'une critique sévère de la part d'intellectuels africains. Pour ceux qui critiquent l'ethnophilosophie, ils verront dans la thèse de Temples une mission évangélique et civilisatrice.
- Marcien Towa (1931-2014/ philosophe camerounais) dira que l'ethnophilosophie n'est pas de la philosophie. C'est une confusion flagrante entre l'ethnologie et la philosophie. Il écrit : « L'ethnophilosophie trahit à la fois l'ethnologie et la philosophie ». Autrement dit, c'est une discipline hybride qui n'est ni de l'ethnologie ni de la philosophie.
- Fabien Eboussi-Boulaga (1934-2018/ philosophe camerounais) met l'accent sur le paradoxe que renferme l'œuvre de Tempels. Le paradoxe c'est que les Bantous soient dépositaires d'une philosophie dont ils ne sont ni conscients, ni capables de l'exprimer.
- Paulin Hountondji (1942-2024/ philosophe béninois) dénonce le caractère politique et idéologique de l'œuvre de Tempels qui en réalité ne fait que sauvegarder les intérêts du colonisateur (mieux connaître le noir pour mieux l'exploiter et l'endoctriner).
En résumé, ces différents penseurs reprochent à l'ethnophilosophie son manque de recul critique. Une pensée est philosophique lorsqu'elle est critique alors que l'ethnophilosophie ne remet pas en question la tradition ancestrale et cherche à tout prix à déterrer une philosophie enfuie.
Mais, au lieu de s'attarder sur l'existence ou non de la philosophie africaine, ne faudrait-il pas se demander comment l'Afrique pourrait se servir de la philosophie pour faire avancer le continent ? Si comme le dit Ebénézer Njoh-Mouellé (essayiste camerounais né en 1938) « La philosophie naît d'une conscience d'angoissée » alors il y a matière à philosopher en Afrique.
